С файлом как-то косо пояснено, так-то понятно, что удалить можно что угодно, просто обнулив соответствующие биты на диске, с обманками тоже просто бороться, делаем полный слепок системы и всего содержимого на другой машине, потом грузим файл туда и смотрим, что изменилось, в итоге всё спрятанное станет явным, а там можно применить найденное решение и к первоначальной системе. Нет программы, которую невозможно вычистить. Есть вредители, вроде шифровщиков и тому подобного, но это уже другое.