В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел.

Ха Ун, бывший детектив, уволенный из полиции, борется с преступной организацией "Бездна", использующей силу мифических существ — синсу, превращающих людей в демонов. Его цель — отомстить за семью, которую скормили монстрам за неуплату долга. Для этого он идёт работать в полицию. Но "Бездна" глубоко проникла в структуры города, и Ха Уна увольняют. Далее ему предлагают продолжать борьбу, только уже не следуя букве закона. Ха Ун соглашается, и его сводят с бывшим инженером "Бездны", доктором Лэнгом, который разработал боевой экзоскелет "Гончая" — супероружие, с помощью которого можно разрушить планы тёмной корпорации.