«Запомни». «Раз, два, три, четыре, пять, шесть, семь… восемь». «Я буду помнить вечно…» В тот день, когда жена Джулия лишилась жизни из-за уродов, цель моего существования наполнилась жгучей ненавистью. Я должен их убить. «Когда я отомщу им всем, похорони меня рядом с ней». Но пока это не произошло, я должен бороться за жизнь в этой Игре на выживание…

Девочка летит. Чтобы свершить свою месть. Земля была поглощена миазмами, вызванными появлением таинственного монстра. Единственное, что могло с ними бороться, — это биологическое оружие под названием «Милосердие». Печальная история прекрасных девочек...

В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел.

Human Error Processor рассказывает четыре новые истории из практики Девятого отдела. Повествование начинается спустя некоторое время после событий первой части манги и знакомит читателя с любопытными деталями сеттинга.

У Акиры Нацумэ фобия электрических устройств, хотя в то же время он очень хорош в их диагностике. Он решает изменить себя к лучшему, завести себе девушку, как уже сделал его старший брат... Однако Акира неожиданно умирает. (да, от грузовика). Спустя 16 лет полицейская из специального отдела и ее партнер-андроид захватывают и активируют высокоразвитый ИИ и супер-оружие под названием "EX-ARM". Они отдают ему полный контроль над своим кораблем в качестве последнего шанса спастись. Однако высокоразвитый ИИ оказывается мозгом Акиры!