Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса. Это мир, который люди разделяют с киборгами и роботами. Бато — детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он — живой киборг, оснащённый искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги. Вместе с напарником Тогусой Бато привлечён к расследованию серии убийств роботами своих владельцев, причём все роботы относятся к эсперементальной модели секс-андроидов фирмы Locus Solus. Компания предпочла бы замять дело, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками погибших. Но Бато и Тогуса — не из тех, с кем можно заключить полюбовную сделку.

У Акиры Нацумэ фобия электрических устройств, хотя в то же время он очень хорош в их диагностике. Он решает изменить себя к лучшему, завести себе девушку, как уже сделал его старший брат... Однако Акира неожиданно умирает. (да, от грузовика). Спустя 16 лет полицейская из специального отдела и ее партнер-андроид захватывают и активируют высокоразвитый ИИ и супер-оружие под названием "EX-ARM". Они отдают ему полный контроль над своим кораблем в качестве последнего шанса спастись. Однако высокоразвитый ИИ оказывается мозгом Акиры!

«Запомни». «Раз, два, три, четыре, пять, шесть, семь… восемь». «Я буду помнить вечно…» В тот день, когда жена Джулия лишилась жизни из-за уродов, цель моего существования наполнилась жгучей ненавистью. Я должен их убить. «Когда я отомщу им всем, похорони меня рядом с ней». Но пока это не произошло, я должен бороться за жизнь в этой Игре на выживание…

Холодная война так и не закончилась, и мир совсем забыл о том, что такое правда, свобода и надежда. Среди промышляющих в советской Москве кибернетизированных бандитов затесался «ликвидатор» Данила Курагин с целёхоньким телом, действующий сам по себе.

В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел.

Human Error Processor рассказывает четыре новые истории из практики Девятого отдела. Повествование начинается спустя некоторое время после событий первой части манги и знакомит читателя с любопытными деталями сеттинга.