Место действия: Город Нео-Токио, 38 лет после разразившейся III Мировой войны. Тэцуо и Канэда – трудные подростки, единственное развлечение которых – погонять с друзьями на сверхскоростных мотоциклах по полуразрушенной после взрыва японской столице. В ходе разборок между подростковыми байкерскими группировками паренёк Тэцуо сталкивается, потеряв управление мотоциклом, со странным ребёнком, кожа которого синеватого цвета. Неожиданно к месту аварии прилетают военные вертолёты и забирают с собой обоих. Канэда, друг Тэцуо, и его команда в смятении, они не могут понять, по какой причине войска забрали парня с собой. А тем временем над Тэцуо начинают проводить эксперименты, превращая его в новейший…

Клан Гидры напал на семью Соуны, семью первооткрывателей. На глазах у мальчика вырезали всех его родных. На его руку поставили клеймо, а самого Соуну бросили умирать в пустыне. И вот, когда мальчик уже готов был проститься с жизнью, появилась таинственная незнакомка. Женщина по имени Гарами оказалась странствующим торговцем оружием. Она продала Соуне воду в обмен на его жизнь. И оружие - в обмен на кулон его матери. Так и началось путешествие Соуны, получившего оружие и цель в жизни.

"Евангелион" - это история о борьбе человечества с таинственными "Ангелами" - гигантскими инопланетными машинами (или, возможно живыми организмами). Их намерения неочевидны, но их действия могут привести к гибели тысяч людей. И сражаются с ними не военные, а лишь немногие подростки, способные управлять гигантскими боевыми машинами - Евангелионами, единственным оружием, способным противостоять "Ангелам". Однако битва за Землю - лишь фон, а главное сражение развернется в глубине душ юных пилотов...