Сюжет подаётся от лица Кэйдзи Кирии — нового рекрута Объединённого Фронта Обороны, ведущего войну с таинственными пришельцами, нападающими на Землю. Первый же бой оказывается для Кэйдзи последним. Но, вместо того, чтобы спокойно отойти в мир иной, он попадает во временную петлю. После каждой смерти его переносит в прошлое, ровно за один день до судьбоносной битвы. Застряв в этом цикле смертей и перерождений, Кэйдзи постепенно набирается боевого опыта и безуспешно старается изменить свою судьбу. Позже он встречает девушку и надеется с ее помощью покинуть этот замкнутый круг.

«Евангелион» — это история о борьбе человечества с таинственными «Ангелами» — гигантскими инопланетными машинами (или, возможно, живыми организмами). Их намерения неочевидны, но их действия могут привести к гибели тысяч людей. И сражаются с ними не военные, а лишь немногие подростки, способные управлять гигантскими боевыми машинами — Евангелионами, единственным оружием, способным противостоять «Ангелам». Однако битва за Землю — лишь фон, а главное сражение развернется в глубине душ юных пилотов…

Однажды летом группа из пятнадцати детей обнаружила загадочного человека, который живет на берегу моря в пещере. Этот человек рассказал детям, что он с помощью своих высокотехнологичных устройств создал видео-игру про пятнадцать роботов, которые должны защитить Землю. Он предложил детям испытать его игру, и они с радостью согласились. Поначалу это казалось интересно, но в скором времени они увидели ужас этой игры. Но самое худшее — эту игру нельзя остановить или выйти из нее.